药物中的杂质多种多样，其分类方法也有多种。药品中存在的杂质是有其一般性与特殊性，按照其来源可以分为一般杂质(general impurities)和特殊杂质(special impurities)。一般杂质是指在自然界分布较广，或生产和贮存过程中较易引入于多种药物中，如酸性物质或碱性物质、氯化物、硫酸盐、炽灼残渣、铁盐、重金属、砷盐、水分、不挥发物等。相对地有一些杂质，只是在某一种药物生产制备或贮存中，根据其方法或性质可能引入，而不易或不可能存在于其他药物中，如咖啡因中的其他生物碱，硫酸阿托品的莨菪碱等称为特殊杂质。

    按照来源的不同，还可将杂质分为工艺杂质(包括合成中未反应完全的反应物及试剂、中间体、副产物等)，降解产物，以及反应物及试剂中混入的杂质等。

    按照杂质毒性分类，杂质又可分为毒性杂质和信号杂质，如重金属、砷盐为毒性杂质；信号杂质一般无毒，但其含量的多少反映出药物的纯度情况。药品中信号杂质含量过多，提示该药品生产工艺或生产过程控制存在问题，如氯化物、硫酸盐属于信号杂质；水杨酸就是阿司匹林的信号杂质，它既是阿司匹林的起始原料，又是它的第一个分解产物(Crude Drug前体药物)。

    按杂质理化性质，杂质一般分为三类：有机杂质(organic impurities)、无机杂质(inorganic impurities)及残留溶剂(residual solvents)。中国SFDA、美国FDA和ICH均采用这种分类。

    有机杂质可能会在药物或制剂的生产或贮存中引入，这些杂质可能是确定的或者未确定的，挥发性的或非挥发性的，包括起始物、副产物、中间体、降解产物、试剂和催化剂等。由于这类杂质的化学结构一般与活性成分类似或具渊源关系，故通常又称之为有关物质(related substance)。

    无机杂质可能来源于生产过程，如使用的仪器、原料、干燥试剂或过滤器等，它们一般是已知的和确定的、且有毒的，如砷、镉、铅、汞、铜等重金属，应严格控制其限量。由于许多无机杂质直接影响药品的稳定性，并可反映生产T艺本身的情况，了解药品中无机杂质的情况对评价药品生产丁艺的状况有重要意义。

    残留溶剂是生产过程中使用的有机或无机液体的残留，一般具有已知的毒性。