瘤胃微生物与反刍动物的共生——以草、叶和嫩枝为食的反刍动物与其瘤胃中的微生物形成了密切的互惠共生关系，通过与瘤胃微生物的共生，才可消化植物的纤维素。反刍动物并无分解纤维素的酶类，而是靠瘤胃中的微生物分解转化纤维素等物质再供动物吸收利用。反刍动物吃进草料后，与唾液混合进入瘤胃，为瘤胃微生物提供了纤维素和无机盐等营养、充足的水分、适宜的pH值和温度，以及良好的搅拌和厌氧等生活环境。瘤胃微生物的代谢，可将纤维素、半纤维索、淀粉和蛋白质等大分子化合物水解为乙酸、丙酸、丁酸、CO₂、CH₄、H₂和H₂O。有机酸被吸收进入动物血液，同时消除了它们对微生物的抑制作用。同时，由此产生的大量菌体蛋白为反刍动物提供了充足的蛋白质养料。

在瘤胃中生活的微生物主要有厌氧的拟杆菌属、链球菌属、乳杆菌属、丁酸弧菌属(Butyrivibrio)、琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)、琥珀酸单胞菌属(Succinimonas)、月单胞菌属( Selenomonas)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)等细菌和以纤毛虫为主的原生动物。

微生物与昆虫的共生——在白蚁、蟑螂等昆虫的肠道中生活有大量的与其有共生关系的细菌和原生动物。在白蚁的后肠中生活着近百种细菌和原生动物。这些微生物在厌氧条件下分解纤维素的产物可供白蚁作为营养，而微生物则可从生活的环境中获得稳定的生活条件和营养。