由于嗜热菌具有比嗜温性微生物的生长速率高、分解有机物的速度快等特异生理性能，在一些发酵工业中具有特别重要的意义，可利用于不同领域。

    (1)利用嗜热菌生产工业酶制剂，如纤维素酶、淀粉酶、蛋白酶、半纤维素酶、果胶酶、胺肽酶、脂肪酶、葡萄糖异构酶等，具有对热稳定、酶解反应速率快、易于在室温下保存等优点。

    (2)利用嗜热菌进行废物处理和甲烷生产，可使用高温型的厌氧反应器，能把有机物较快地转化为CH₄，可抑制致病菌和病毒的生长，还可减少同体废物的停留时间。

    (3)利用嗜热菌对有机物质的降解作用制作堆肥以提高农作物的产量。

    (4)利用嗜热菌牛产乙醇，在高温下能边发酵边对乙醇进行蒸馏，从而防止产物的抑制作用；更有利于底物转化成产物；还可减少能量消耗，减少冷却费用；因生产菌耐热，不需把细胞从发酵培养基中分离出来。

    (5)嗜热菌，尤其是具有分解石蜡能力的嗜热菌在微生物采油方面有重要的

用途。将这些微生物注入油井中，可以大幅度增产。

    (6)极端耐酸嗜热菌可用于细菌冶金，浸出和回收矿石中的有用金属；于煤

脱硫可去除煤中的无机和有机硫化合物。