低频限制性内切酶片段分析(LFRFA)  由于RFLP分析的缺点是DNA酶切片段较复杂，难于比较。如果选用专一识别6～8个碱基序列的限制性内切酶，则DNA片段数量就会大大减少，这就是低频限制性内切酶片段分析(LFRFA )。LFRFA 被认为是目前分辨率最高的DNA分型法之一。因其酶切消化所得的片段减少，得到的DNA指纹图谱较简单，可用于细菌的聚类。但是，这样切出的DNA片段太大而不能用琼脂糖凝胶电泳分开，只能用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分开。

    PFGE被认为是分子生物学分类方法的“金标准”。已经进行了很多针对用不同酶消化的细菌产生的图谱的研究，证明PFGE具有高分辨率且结果易于分析，优于其他方法。通过计算机凝胶扫描，软件分析，可以建立对所有微生物的PFGE图谱的数据库，以便各菌株间的比较。

    Roy D、 Ward P等利用PFGE对不同来源的双歧杆菌进行区分。Roussel Y等利用PFGE将9株生化特性具有明显区别的生产用菌株确定为嗜酸乳芽孢杆菌(Lactobacillus acidophilus)。

    PFGE虽步骤简单，但耗时较长，需2～3天，这就降低了实验室分析大量样品的能力，使其应用受到限制。