菌株(strain)又称品系。表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖成的纯种群体及其一切后代。同种微生物的每一不同来源的纯培养物或纯分离物均称为某菌种的一个菌株。自然界分离到的同属一个种的微生物纯培养后代，由于来自不同的地区、土壤和其他生活环境，总会出现一些微小的差异，为了区别这种细微的差异，故可用菌株表示，菌株几乎是无数的。同一种微生物的不同菌株在作为分类鉴定的一些主要性状上是相同的，但是在次要性状(如生化性状、代谢产物和产量性状)上可以有或大或小的差异。但是它们在遗传上是相似或一致的，菌株实际上是某一微生物达到“遗传性纯”的标志。因此，当某菌株发生自发变异或经过诱变、杂交或其他方式发生遗传重组后，均应标上新的菌株名称。在筛选菌种、保藏菌种、利用菌种进行生产、科学研究、学术交流或发表论文时，都必须同时标明该菌种及菌株名称。“菌株”不是分类单位，同一种微生物可以有许多菌株。菌株的名称都放在学名的后面，常可以随意地用数目、地名、字母或符号表示，例如，大肠杆菌的B菌株和K12菌株——E．coli B和E．coli12。

    为了科研或鉴定工作方便，种以下的分类单元除亚种、型和菌株外，还有一些非正式的、含义不太明确因而一般不常使用的名称，如类群(group)、小种(race)、相(phase)以及态(state)等。